Mentype® DIPscreen PCR Amplification Kit

INDEL-Analyse für flexible Anwendungen

Features

Eine kosteneffiziente High-Throughput-Lösung Prä- und Post-Transplantation
Mit einer Wahrscheinlichkeit von > 99,9 % können informative bi-allelische Marker in auch nah-verwandten Transplantationspaaren identifiziert werden
Ermöglicht die Überwachung eines breiten Chimärismusbereichs mit herausragender Sensitivität von ≥ 1,4 %
Registriertes CE-IVD-Produkt gemäß EU 2017/746 (IVDR)

Das Mentype^® DIPscreen PCR Amplification Kit ist ein Multiplex-Assay, der sowohl initial für die Genotypisierung als auch für das Chimärismus-Monitoring nach der allogenen hämatopoetischen Stammzelltransplantationen eingesetzt wird. Der Assay basiert auf der Kapillarelektrophorese und benötigt nur geringe DNA-Mengen. Bei ausreichender DNA-Ausgangsmenge kann nach der Genotypisierung mit dem Mentype^® DIPscreen eine noch sensitivere Chimärismus-Quantifizierung mit Mentype^® DIPquant oder Mentype^® DigitalQuant durchgeführt werden.

Biomarker

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FAM-Panel

DIP Locus: AM X, AM Y, HLD106, HLD70, HLD84, HLD103, HLD104, HLD116, HLD112, HLD307, HLD310, HLD110, HLD133, HLD79, HLD105,HLD140, HLD163

‍Chromosomale Lokalisation: Xp22.1-22.3, Yp11.2, 16q13, 6q16.1, 8q24.12, 12q23.1, 13q32.1, 18p11.22, 17p12, Xp11.23, 2p22.3, 16q22.1, 3p22.1, 7q31.2, 14q24.3, 3q23, 12q24.31

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BTG Panel

DIP Locus: HLD91, HLD23, HLD88, HLD101, HLD67, HLD301, HLD53, HLD97, HLD152, HLD128, HLD134, HLD305

‍Chromosomale Lokalisation:11q14.1, 18p11.32, 9q22.33, 15q26.1, 5q33.3, 17q21.32, 3q22.1, 13q13.1, 16p13.2, 1q31.3, 5q11.2, 20q11.22

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BTY Panel

DIP Locus: HLD48, HLD114, HLD304, HLD131, HLD38, HLD82

‍Chromosomale Lokalisation: 2q11.2, 17p13.2, 9q34.3, 7q36.2, 1q32.2, 7q21.3

Produktspezifikationen

Panel
33 DIP Loci + Amelogenin

Reaktionen
1 Multiplex PCR Reaktion pro Probe

PCR-Kontrollen
2 enthalten (PC, NTC)

Probeneinsatz
0,125 - 2 ng gDNA aus periphärem Vollblut

Sensitivität
≥ 1.4 %

Bearbeitungszeit
~ 4 h nach Nukleinsäurevorbereitung

Nachweis
Qualitative Genotypisierung, Semiquantitative Chimärismusanalyse

Zu verwenden mit
Standard Thermocycler + Thermo Fisher Genetic Analyzer

Datenanalyse
ChimerisMonitor IVD, GeneMapper^TM ID-X + spezifische Templates

Wissenschaftlicher Hintergrund

Die Analyse des molekularen Chimärismus ist entscheidend, um das Anwachsen des Stammzelltransplantates zu überwachen bzw. um eine drohende Abstoßungsreaktion frühzeitig zu erkennen. Die molekulare Chimärismusanalyse kann über diverse DNA-Sequenzmotive erfolgen. Großen Vorteil bieten hier die sogenannten Insertions/Deletions -Polymorphismen (DIPs/INDELs). Im Vergleich zu anderen DNA-Sequenzmotiven führt die enzymkatalysierte Amplifikation dieser Loci nicht zur Ausbildung von „stutter-peak“ Artefakten, außerdem eignen sich DIP-Polymorphismen sehr gut für die quantitative Analyse mittels qPCR-Technologie. Eine auf DIPs basierte Diagnostik kann somit der eindeutigen und hochsensitiven Überwachung des Chimärismusstatus gerecht werden.

Produktreferenzen

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Al-Akioui Sanz, K. et al. Familial CD45RA– T cells to treat severe refractory infections in immunocompromised patients. Front. Med. 10. https://doi.org/10.3389/fmed.2023.1083215 (2023)
Huyveneers, L. E. P. et al. Autopsy Study Defines Composition and Dynamics of the HIV-1 Reservoir after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation with CCR5D32/D32 Donor Cells. Viruses 14. https://doi.org/10.3390/v14092069 (2022)
Pérez-Martínes, A. et al. Phase I dose-escalation single centre clinical trial to evaluate the safety of infusion of memory T cells as adoptive therapy in COVID-19 (RELEASE). EClinicalMedicine 39. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2021.101086 (2021)
Fortschegger, M. et al. Detection and Monitoring of Lineage-Specific Chimerism by Digital Droplet PCR-Based Testing of Deletion/Insertion Polymorphisms. Biol Blood Marrow Transplant 26, 1218-1224, https://doi.org/10.1016/j.bbmt.2020.02.016 (2020)
Gómez-García, L. M. et al. A phase II clinical trial of infusing haploidentical K562-mb-IL15-41BBL activated and expanded Natural Killer cells as consolidation therapy for pediatric acute myeloblastic leukemia. ESS Open Archive. DOI: 10.22541/au.160192968.85891275/v1 (2020)
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Navarro-Bailón, A. et al. A Novel Quantitative PCR Approach Targeting Insertion/Deletion Polymorphisms (Indel-PCR) for Chimerism Quantification: Finally High Sensitivity and Quantification Capacity Together. Blood 126, 4227. https://doi.org/10.1182/blood.V126.23.4277.4277 (2015)
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