Mentype® DigitalQuant
Sensitive Quantifizierung für die innovative Analyse von DNA-Ratios
Features
- Absolute Quantifizierung ohne technische Replikate
- Quantifizierung der DNA-Ratios ≤ 0.1 %
- Durchführung auf Standard dPCR-Systemen
- Anwendung z. B. für Chimärismus, Transplantatabstoßung oder Zellproduktforschung
Nach einer initialen Genotypisierung wird Mentype® DigitalQuant für die präzise Quantifizierung von DNA-Ratios genutzt, wie sie z. B. in der Chimärismus- oder Transplantationsforschung benötigt wird. Dieser Ansatz verwendet die digitale PCR-Technologie und ermöglicht damit hohe Sensitivität und Reproduzierbarkeit der Ergebnisse bei einem optimierten DNA-Einsatz.
Biomarker
Insertions-Deletions Polymorphismen (DIPs oder INDELs), SRY, Referenzgen
Produktspezifikationen
- Panel
- 59 allelspezifische Duplexassays
- Reaktionen
- 3 allelspezifische Assays pro Probe (3 Reaktionen)
- Interne Kontrollen
- Referenzgen oder SRY
- PCR-Kontrollen
- 2 (PC separat erhältlich, NTC)
- Probeneinsatz
- 50 ng gDNA aus peripherem Vollblut oder Knochenmark
- Sensitivität
- 0,1 %
- Bearbeitungszeit
- ~ 2,5 h nach Nukleinsäureaufbereitung
- Nachweis
- Absolute Quantifizierung
- Zu verwenden mit
- Bio-Rad QX100/200, Applied Biosystems QuantStudioTM 3D/ AbsoluteQTM
Wissenschaftlicher Hintergrund
Der Mentype® DigitalQuant nutzt die hochempfindliche digitale PCR-Technologie, um eine absolute Quantifizierung von verschiedenen Genotypen in Mischproben zu ermöglichen. Spezifisch für die digitale PCR (dPCR) ist die Proben-Partitionierung in eine große Anzahl von Nanokavitäten. Jede Kavität bzw. jedes Tröpfchen stellt ein separates Kompartiment dar, welches Nano-Liter der Probe enthält. Während des PCR fungieren sie als separate PCR-Reaktionskammern. Je nachdem, wie viele Exemplare der Target-Moleküle in die Kompartimente aufgeteilt wurden (Null, eine oder mehrere Kopien), wird eine Vielzahl von Replikaten pro einzelnen PCR-Lauf erzeugt. Mit Hilfe der Poisson-Statistik kann die absolute Anzahl der Startkopien sehr genau bestimmt werden. Nach der PCR wird jede Kavität bzw. jedes Tröpfchen automatisch analysiert und für eine Target-DNA der positive oder negative Anteil bestimmt. Da die digitale PCR den Endpunkt der Amplifikate analysiert, werden keine Kalibrationskurven benötigt.
Mentype® DigitalQuant-Assays wurden entwickelt, um zuvor identifizierte DIP-Loci (Deletion-Insertion-Polymorphismus, auch INDEL genannt) quantitativ zu analysieren. Diese Assays stellen ein Set von 29 verschiedenen DIP-Allelen dar und sind als Duplexmischungen entweder in Kombination mit ß-Globin als aktiver Referenz (REF) oder mit SRY als Y-Chromosom-spezifischer Marker erhältlich. Zusätzlich wird eine Kombination von SRY / REF als Assay bereitgestellt.
Produktreferenzen
- Picard, C. et al. New methods for the quantification of mixed chimerism in transplantation. Front. Immunol. 14, https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1023116 (2023)
- Fortschegger, M. et al. Detection and Monitoring of Lineage-Specific Chimerism by Digital Droplet PCR-Based Testing of Deletion/Insertion Polymorphisms. Biol Blood Marrow Transplant 26, 1218-1224, https://doi.org/10.1016/j.bbmt.2020.02.016 (2020)
- Mika, T. et al. Digital droplet PCR-based chimerism analysis for monitoring of hematopoietic engraftment after allogeneic stem cell transplantation. Int J Lab Hematol. 41, 615-621. https://doi.org/10.1111/ijlh.13073 (2019)
- Pedini, P. et al. Droplet Digital PCR: A New Technology for Detection and Quantification of Chimerism After Allogenic Hematopoietic Stem Cell Transplantation. Biomed J Sci & Tech Res. DOI: 10.26717/ BJSTR.2019.13.002420. (2019)
- Stahl, T. et al. Digital PCR Panel for Sensitive Hematopoietic Chimerism Quantification after Allogeneic Stem Cell Transplantation. Int. J. Mol. Sci. 17. https://doi.org/10.3390/ijms17091515 (2016)
- Stahl, T. et al. Digital PCR to assess hematopoietic chimerism after allogeneic stem cell transplantation. Experimental Hematology 43, 462-468. https://doi.org/10.1016/j.exphem.2015.02.006 (2015)
Ressourcen
Bestellinformationen
Mentype® DigitalQuant
Größe: 25 Reaktionen
Artikelnummer: 45-02xx*1-0025
Status: RUO**
* xx beschreibt die locusspezifische Artikelnummer
**RUO - Produkte, die nur für Forschungszwecke verwendet werden, müssen vom Kunden mit klinisch relevantem Material für Diagnosezwecke validiert werden.
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