IntelliPrep cfDNA Extraction Kit

Produktübersicht

• Hochvolumen-Plasmaverarbeitung: bis zu 5 ml Probe – für maximale cfDNA-Eingangsmengen zur Detektion seltener Varianten
• Erhalt kurzer cfDNA-Fragmente (166–185 bp): Fragmentgrößenintegrität mittels Kapillarelektrophorese verifiziert
• Automatisiertes, hands-off Protokoll – eliminiert manuelles Pipettieren von wertvoller, niedrig konzentrierter cfDNA
• Sofort einsatzbereites Eluat für ddPCR, NGS ctDNA-Profiling, Methylierungsanalysen und Liquid-Biopsy-Panels
• Erwartete Ausbeute: ca. 6 ng/ml aus gesundem Plasma; höher bei onkologischen Patienten

Zirkulierende zellfreie DNA (cfDNA) ist im Plasma in sehr geringen Konzentrationen vorhanden – typischerweise 1–20 ng/ml bei gesunden Spendern und variabel erhöht bei onkologischen Patienten mit zirkulierender Tumor-DNA (ctDNA). Die Extraktion dieser fragmentierten, kurzkettig vorliegenden Nukleinsäure aus Plasma ohne Verlust der diagnostisch wertvollen Mononukleosom-Fragmenten erfordert eine spezialisierte, sorgfältig optimierte Extraktionschemie sowie eine rigorose Kontrolle jedes Pipettierschritts.

Das IntelliPrep cfDNA Extraction Kit ist speziell für die Plasma-cfDNA-Gewinnung entwickelt. Es verarbeitet bis zu 5 ml Plasma pro Probe auf dem IntelliPrep TRIO 240 und nutzt Magnetpipettier-Flüssigkeitshandhabung, um Lyse, Bindung, Waschung und Elution ohne Bedienereingriff zu automatisieren. Eine Kapillarelektrophorese bestätigt, dass die charakteristische cfDNA-Fragmentgrößenverteilung von 166–185 bp während des gesamten automatisierten Prozesses erhalten bleibt – das Eluat ist direkt für digitale PCR, hochempfindliche qPCR und NGS-Bibliothekspräparation geeignet.

Erhältlich ausschließlich über BIOTYPE in Deutschland und Österreich. Unser Applikationsteam unterstützt Sie bei allen Fragen.

Workflow

Das cfDNA-Extraktionsprotokoll läuft automatisch in sechs Stufen auf dem IntelliPrep TRIO 240 ab: (1) Automatisches Beladen der Probe vom Probenröhrchen in den Extraktionsstreifen (2) Kontrollierte Lyse und Freisetzung von cfDNA aus Plasmaproteinen und zellulären Vesikeln. (3) Magnetpartikel-Bindung, die kurze, fragmentierte DNA selektiv erfasst und gleichzeitig den Übertrag genomischer DNA aus Leukozyten minimiert. (4) Mehrstufige Waschung zur Entfernung von Plasmaproteinen, Lipiden und Lysereagenzien-Rückständen, die nachgelagerte PCR oder NGS stören würden. (5) Lufttrocknung der Magnetpartikel zur vollständigen Entfernung von Restpuffer, um die cfDNA-Ausbeute und -Konzentration während der Elution zu maximieren. (6) Elution, optimiert für maximale cfDNA-Ausbeute bei höchstmöglicher Konzentration. Optionale Integration mit dem TRIO 240 Quantifizierungsmodul für sofortige fluorometrische Konzentrationsbestimmung und Normalisierung vor ddPCR- oder NGS-Input.

Die Ausbeuten variieren je nach Plasmavolumen, Zustand des Patienten und zirkulierender Tumorlast. Das Kit weist eine hervorragende Wiederfindungslinearität bei einem Plasma-Einsatzvolumen von 1 bis 5 ml auf und ermöglicht so eine flexible Anpassung an die verfügbaren Probenvolumina.